Do đã có dính líu tới việc cộng tác với phe Trục trong Chiến tranh thế giới thứ II, một loạt các hành động trừng phạt tàn bạo được danh cho 10 nhóm sắc tộc, trong đó có người Tatar Krym. Họ đều bị trục xuất tới Xibia và Trung Á[31].

Vào ngày 10 tháng 5 năm 1944, Lavrentiy Beria nói với Stalin rằng cần phải đưa nhóm người này đi thật xa khỏi biên giới với lý do "có âm mưu phản loạn"[32], bất chấp có tới hơn 25.000 người Tatar Krym tham chiến cho Liên Xô[33] so với chỉ 15-20.000 người theo Đức[21][34]. Bản thân có tới 8 người thuộc sắc tộc này được trao danh hiệu Anh hùng dân tộc Liên Xô[25]. Nó cũng gần như chối bỏ luôn thực tế là những phần tử thân phát xít đã theo Đức chạy trốn bởi ép buộc và các sĩ quan Nga cũng thừa nhận rằng không phải tất cả đều phản Liên Xô. Trớ trêu thay, người Tatar Volga, vốn có quan hệ xa với người Tatar Krym, thậm chí còn có nhiều phần tử theo phát xít (35-40.000), họ lại không bị trừng phạt[21]. Các sắc dân khác cũng thuộc về những người bị nghi là có cộng tác với phe Trục cũng bị trục xuất, bất chấp việc người Nga và người Do Thái cho rằng họ bị ép tòng quân[35]. Những người kháng lệnh đều bị giết[36].

Chính thức thì đã không còn người Tatar Krym nào ở lại bán đảo, ở mọi cấp bậc. Điều này được cho là đã làm tổn thương rất lớn tới tinh thần người Tatar Krym vì những hành động ép buộc và cưỡng bức di cư một cách tàn bạo và tột cùng đáy lòng này[37]. Trong khi đó, tại Uzbekistan, những người Uzbek không thể hiện đồng cảm với người anh em cùng nguồn gốc Thổ tộc này do họ bị cáo buộc là "cộng tác viên của phát xít", và thậm chí người Tatar còn bị ném đá[38] và tấn công. Nhiều hành vi bạo lực chống người Tatar Krym xảy ra ở Uzbekistan bởi người Uzbek "không muốn coi mình là một phần của đám phát xít"[38].

Trong khi đó, truyền thông Xô viết lại cho rằng họ đã "tự nguyện tới Trung Á"[39], và để che giấu sự thật, lãnh đạo Liên Xô đã cấm tất cả mọi thông tin liên quan tới dân tộc này[40]. Những cái tên từng đại diện cho làng mạc, văn hóa Krym Tatar xưa hoàn toàn bị thay đổi sang tên Nga và người Nga, Ukraina, Slav khác,... dần được thế vào trong khi các nghĩa trang Hồi giáo bị phá hủy hoặc bị chuyển đổi cho dân sự. Thậm chí trước năm 1989, việc công khai nguồn gốc Tatar Krym cũng bị cấm và chỉ cho đến năm 1989, nó mới được dỡ bỏ[41].